Система земледелия в хлопковых районах Киргизии ориентирована на орошаемое земледелие в засушливом климате южных регионов, таких как Ферганская долина. Основой является выращивание хлопчатника в севообороте с зерновыми и кормовыми культурами для поддержания плодородия почвы. После приватизации колхозов большинство полей перешло к фермерским хозяйствам, что изменило методы ведения сельского хозяйства. В последние годы развиваются органические и устойчивые методы выращивания хлопка, обеспечивающие экологичность и экспортный потенциал продукции.